En el año 1965, la necesidad por la comunicación y la coordinación mutua entre las 16 congregaciones independientes de la Misericordia (aquellas que no se sumaron a la Unión) y las provincias de la Unión se hizo más evidente. La Federación de las Hermanas de la Misericordia fue establecida y luego estuvo encargada de facilitar a las líderes de las congregaciones independientes y la Unión la oportunidad de una colaboración más estrecha. Las actividades patrocinadas por la Federación como la formación de los programas para novicias, el Coloquio de la Misericordia de la Educación Superior y las publicaciones compartidas llevaron a las congregaciones independientes y la Unión a profundizar sus relaciones mutuamente y maximizar los recursos. Eventualmente, estos nuevos lazos dieron lugar a un emprendimiento aún más innovador: el Proyecto de las Constituciones Fundamentales.

El Proyecto de las Constituciones Fundamentales surgió casi 10 años después que Roma les solicitara a todas las congregaciones religiosas examinar y revisar sus constituciones de acuerdo con la comprensión renovada que fluye de los documentos de las reuniones del Concilio Vaticano Segundo. La Federación de las Hermanas de la Misericordia vio la creación de las constituciones fundamentales como una oportunidad para profundizar plenamente la herencia común compartida por las congregaciones independientes de la Misericordia y la Unión. Se propuso que una declaración básica común, de naturaleza inspiradora, sirviera como preámbulo para todas las constituciones de la Misericordia. Después de la aprobación de las Constituciones Fundamentales en 1981, se decidió crear colaborativamente una constitución completa. La Hermana Helen Amos, Presidenta de las Hermanas de la Misericordia de la Unión, presidió este proyecto. Las extensas consultas dieron lugar a la elaboración de las Constituciones.

Una iniciativa unificadora paralela propuesta por la Federación fue el Proyecto Futuros de la Misericordia. A través de los años, las actividades de la Federación aumentaron a un nivel donde su estructura no se podía sustentar. Se formó un grupo que considerara las estructuras alternas para abordar este asunto. La Federación aprobó la resolución declarando que «[se formara un grupo de tareas] mediante un proceso de consulta y educación, un nuevo modelo de relación para las Hermanas de la Misericordia de las Américas y estructuras gubernamentales necesarias para implementarlas». Este grupo llegó a ser conocido como Grupo de Tareas para el Proyecto Futuros de la Misericordia. La Hermana Doris Gottemoeller, presidenta de la Federación, presidenta y directora del proyecto, encabezó un equipo de nueve personas para explorar cómo las congregaciones independientes de la Misericordia y la Unión de las Hermanas de la Misericordia podían unirse bajo una estructura de gobernanza común.

El Proyecto Futuros de la Misericordia creció rápidamente a un compromiso más grande de lo que se percibió al inicio, ofreciendo consultas, debates, encuentros y experiencias de oración como oportunidades para todas las Hermanas de la Misericordia para desarrollar y profundizar sus relaciones mutuamente. Una de esas oportunidades, titulada La Gran Derecha e Izquierda, se inició para fomentar un mayor sentido de las relaciones compartidas a través del arte. Se invitó a hermanas artistas a crear pinturas, dibujos, esculturas, poemas y otras obras de arte. En 1988, estas obras de arte se convirtieron en una exposición itinerante transitando con gran ceremonia y celebración a lugares de la Misericordia de toda la Unión y a congregaciones independientes de la Misericordia. Al final de la exposición en cada localidad, las hermanas podían seleccionar una obra de arte que quisieran conservar y podían donar una nueva obra a la exposición. Después con un espíritu de gran festividad y oración, la exposición era escoltada por dos hermanas a la siguiente localidad.

Como parte de facilitar la comunicación de la Federación sobre una posible estructura nueva de gobierno, se tomó una votación de sondeo en 1985 preguntándole a cada Hermana de la Misericordia: « ¿Deseas tú que tu congregación sea parte del nuevo Instituto propuesto?» El setenta y siete por ciento de las hermanas respondió: «Sí».

Con el conocimiento de que una amplia mayoría de hermanas dentro de la Federación favorecía la creación de una sola estructura unificadora, se inició el movimiento hacia un plebiscito oficial. Se requirió la mayoría de más del 80 por ciento de votos afirmativos de cada congregación para permitirles enviar su petición formal a Roma. En general el 97,9 por ciento de 7.400 votantes elegibles de hermanas optaron a favor de la creación de una entidad unificadora. En junio de 1990, la Congregación para la Vida Consagrada, afirmó la formación de una nueva congregación y el Instituto de las Hermanas de la Misericordia de las Américas estaba ¡por convertirse en una realidad!